黑龙江航运公安局是交通运输部公安局派驻在祖国北部边陲的交通港航公安机关，按照交通运输部公安局关于对黑龙江航运公安局管辖规定的批复，负责黑龙江界河及内河中央管理水域和港口、码头以及有关港航企事业单位的治安行政管理，刑事案件管辖。负责辖区范围内企事业单位的消防监督、火灾扑救、抢险救援等工作。2003年，根据黑龙江省机构编制委员会文件规定，黑龙江航运公安局同时为黑龙江省公安厅十四处。公安业务工作实行交通运输部公安局和黑龙江省公安厅双重领导，以交通运输部公安局领导为主。党政关系由交通运输部公安局委托黑龙江省交通运输厅管理。

    主要职责：
    1、贯彻执行国家有关法律法规和公安部、交通运输部有关公安保卫工作的方针、政策。
    2、负责实施黑龙江界河及内河干流中央管理水域和港口、码头以及有关港航企事业单位（以下简称“辖区”）的治安行政管理工作，查处治安案件、维护治安秩序，保障客货运输安全。
    3、负责侦破发生在辖区内的各类刑事案件，预防、制止和打击各类刑事犯罪活动。
    4、负责黑龙江界河及内河干流中央管理水域水上设施、航电枢纽、船闸和运输船舶的治安保卫工作；负责反恐怖、反劫船等工作，处置突发性事件。
    5、负责黑龙江界河及内河干流中央管理水域航行、停泊、作业的中外民用船舶、水上设施和港区范围内的企事业单位的消防监督工作；组织辖区内的火灾扑救及抢险救援工作。
    6、负责查处辖区发生的涉外案件。
    7、负责辖区的警卫工作。
    8、负责黑龙江航运公安机关党的建设和队伍建设。
    9、承办上级交办的其他工作。